Jyväskylän radan (1897) valmistumisen myötä Haapamäen rautatieläiskylästä oli kehittynyt merkittävä rautateiden risteysasema. Väkimäärän lisäääntyessä katsottiin tarpeelliseksi saada Haapamäelle oma rukoushuone ja hautausmaa. Asiaa lähti ajamaan rukoushuoneyhdistys.

Vuonna 1931 ratamestari Heikki Heinonen ja hänen vaimonsa Emma lahjoittivat ratapihan takaa kangasmaata kyseiseen tarkoitukseen. Talkoilla raivattu hautausmaa vihittiin käyttöön 9.10.1932. Rukoushuoneen piirrustukset tilattiin rakennusmestari Heikki Tiitolalta. Perustukset tehtiin vuonna 1939 Lahjakankaaksi nimetylle maalle, jossa oli ollut vaatimaton siunauskappeli jo vuodesta 1932. Keuruun seurakunta osti maan rukoushuoneyhdistykseltä ja ryhtyi kirkon rakennuttajaksi. Sota kuitenkin katkaisi hankkeen ja perustukset kasvoivat pusikkoa sodan jälkeen.

Kirkko saatiin lopulta rakennettua Haapamäen yhteiskoulua käyneen arkkitehti Mikael Nordenswanin uusien piirustusten mukaisesti. Rakennustyö päästiin aloittamaan syksyllä 1952. Kirkko valmistui 1953. Nordenswan suunnitteli jyrkkäkattoisen tiilirakenteisen pitkäkirkon, jonka rapattua ulkopintaa elävöittävät liuskekivet. Erillinen korkea kellotorni on pääsisäänkäynnin vieressä. Alttariosa on muuta kirkkosalia matalampi ja alttariseinällä on pelkistetty risti. Nordenswanin suunnittelemassa Kolhon kyläkirkossa sama ratkaisu. Kirkko edustaa tyypillistä 1950-luvun kirkkoarkkitehtuuria. Arkkitehtuurissa on vaikutteita klassismista, funktionalismista ja italian renessanssin arkkitehtuurista.

Haapamäen kirkko on ensimmäisiä monitoimikirkkoja. Kirkkosalin yhteydessä on seurakuntasali ja kerhotiloja. Seurakuntasalia laajennettiin 1990-luvulla.